上海轿车托运讯陈学著指，按照上海试点经验，年营业额500万元以下的中小企业税负基本都可以降低。但作为试点行业之一的物流企业却认为，营业税改征增值税后，由于缺乏上游发票抵扣，税负反而加重。
记者采访的多位物流业内人士和快递公司均表示，税率调整幅度较大、抵扣的项目较少反而可能抬高了企业的负担。广东省物流行业协会会长刘武认为，此次营改增试点方案的税率有些“过高”，“现在人力、运输成本高企，一些物流企业的净利润率不足5%，（由于无法抵扣）税率一下子提高了8%，这令很多企业吃不消”。
昨日一位快递公司财务人士也告诉记者，交通运输企业面临两个难点，一是人力成本不能进入可抵扣项目，二是运输途中产生的费用又难以开具增值税发票，如路桥费并不在抵扣范围。“快递公司是做最后一公里服务，但从取件、运输、配送等都需要人力”。

中国快递咨询网首席顾问徐勇也表示，与物流行业相比，快递行业的人力成本占比更高，国家邮政局也考虑到这一点，目前有关部门则正在对快递行业是否纳入试点范围进行调研。“一些物流企业在财务上可能存在不规范的行为，这些都导致可抵扣项目减少。”

面对企业的担忧，记者采访的专家就认为，产业只要提高机械化、自动化程度，就能起到减税效果。张鹏指，改革遵循“税负总体持平、略有下降”的原则。